Baviera, 1944. Los rumores de la guerra apenas llegan a la primera maternidad nazi, la Heim Hochland, creada por Heinrich Himmler en 1936 como parte del programa llamado Lebensborn. En ese idílico lugar se hace todo lo posible para ofrecer un ambiente armonioso a los hijos recién nacidos de miembros de las SS y a sus madres. Allí trabaja Helga, una enfermera modélica y entregada, que cuida de mujeres embarazadas y bebés, pero que asiste a situaciones que harán tambalearse sus certezas. Y allí llega, para dar a luz, la joven Renée, una francesa repudiada por su familia tras haberse enamorado de un alemán durante la Ocupación de París. Mientras reconstruye este inquietante gineceo en su realidad histórica, Los niños de Himmler ofrece una inmersión en la cotidianidad de un lugar concebido para desarrollar y «depurar» la raza aria, y criar a los futuros «señores de la guerra».
Meister Mathis, Mathis Grün de Eisenach, Mathis Godhart (o Gothardt) Nithart (o Nithardt), Matthias Grünewald, el pintor (y también, quizá, el ingeniero, el fabricante de jabones, el conocedor de alquimias) son algunas de las señales que han velado y velan todavía al hombre que pintó el imponente Retablo de Isenheim a principios del siglo, en una Europa diezmada por la pobreza, la guerra y la peste, en la que tronaban las revueltas de campesinos, el comercio de bulas era moneda corriente y la Reforma echaba a andar. El políptico, con sus escenas sucesivas, estaba destinado a causar el estremecimiento de los enfermos que acudían en río al hospital que los antonianos habían abierto en Isenheim: detenerse ante el cuerpo retorcido y masacrado de la Crucifixión, la música angélica de la Natividad, un san Antonio tentado y vejado, o el triunfo de la Resurrección debía propiciar la curación a sus males las fiebres y la lepra, el fuego de san Antonio, la sífilis, la epilepsia .
«Ainhoa Elizasu fue la segunda víctima del basajaun, aunque entonces la prensa todavía no lo llamaba así. Fue un poco más tarde cuando trascendió que alrededor de los cadáveres aparecían pelos de animal, restos de piel y rastros dudosamente humanos, unidos a una especie de fúnebre ceremonia de purificación. Una fuerza maligna, telúrica y ancestral parecía haber marcado los cuerpos de aquellas casi niñas con la ropa rasgada, el vello púbico rasurado y las manos dispuestas en actitud virginal.»
En los márgenes del río Baztán, en el valle de Navarra, aparece el cuerpo desnudo de una adolescente en unas circunstancias que lo ponen en relación con un asesinato ocurrido en los alrededores un mes atrás. La inspectora de la sección de homicidios de la Policía Foral, Amaia Salazar, será la encargada de dirigir una investigación que la llevará de vuelta a Elizondo, una pequeña población de donde es originaria y de la que ha tratado de huir toda su vida. Enfrentada con las cada vez más complicadas derivaciones del caso y con sus propios fantasmas familiares, la investigación de Amaia es una carrera contrarreloj para dar con un asesino que puede mostrar el rostro más aterrador de una realidad brutal.