El profesor naturalista francés Pierre Aronnax queda prisionero, junto a su ayudante Conseil y el arponero Ned Land, dentro de un artefacto de avanzada tecnología que recorre las profundidades del mar. El dueño de sus destinos es el enigmático capitán Nemo, que ha construido el Nautilus en secreto, para escapar de la sociedad que desprecia.
Trece historias que se desarrollan en la Amazonía ecuatoriana. Sus protagonistas son las etnias achuar, shuar, huaorani, secoya, siona, quichuay cofán. En cada cuento se descubre la forma de vida de los habitantes de la selva, sus aventuras y su manera de convivir con respeto y armonía con la naturaleza.