El manuscrito de aire nos traslada a los primeros años de la colonización de América, un tiempo de luces y sombras, ambiciones y sueños, horrores y contradicciones, que marcará un antes y un después en la Historia de España y de Occidente.
La Española, día de la Epifanía de 1515. Una aldea de indios taínos cercana a la ciudad de Santo Domingo sufre un devastador incendio, en el que mueren sus habitantes poco después de ser bautizados. Los frailes dominicos le piden al rey Fernando el Católico que envíe a Fernando de Rojas para que lleve a cabo las pesquisas del caso e informe sobre la situación de los nativos de la isla.
Así comienza una compleja trama en la que se mezclan la intriga detectivesca y la pasión amorosa, la búsqueda de la justicia y el descubrimiento del otro. A lo largo de su investigación, Rojas se encontrará con un Nuevo Mundo, repleto de misterio y de belleza, en el que tendrá que afrontar numerosas dificultades, hasta adentrarse en lo más recóndito y tenebroso de la isla, allí donde se oculta una verdad incómoda y difícil de asimilar.